Neben den finanziellen Rahmenbedingungen wird die Strukturqualität bestimmt durch die technische Ausstattung des Unternehmens sowie durch die Personalstruktur sowohl in der Kölner Zentrale als auch durch Anzahl und Qualifikation der freien Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter. Die zu erledigenden Aufträge werden über ein zentrales Verwaltungssystem in der Datenbank erfasst, automatisch verteilt und weiterverfolgt. 

Dem Informationsaustausch zwischen der Medicproof-Zentrale und den freien Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern dient das Medicproof-Extranet. Das Extranet unterstützt die Gutachterinnen und Gutachter auch außerhalb der Geschäftszeiten, bietet z.B. die Möglichkeit, sich für ein Weiterbildungsseminar anzumelden.

Die Gutachten werden mit einer eigens dafür entwickelten Bearbeitungssoftware erstellt; Vollständigkeitskontrollen und Plausibilitätsverknüpfungen erleichtern die Bearbeitung. Andere Funktionen unterstützen sie bei der Terminvereinbarung und -planung sowie der Auftragsverwaltung.

Die Prozessqualität drückt sich in der Gesamtheit der Abläufe und Interaktionen aus, die bei Medicproof intern sowie in der Zusammenarbeit mit Auftraggebern, Auftragnehmern und nicht zuletzt zwischen den Gutachterinnnen bzw. Gutachtern und begutachteten Personen stattfinden. 

Intern fließen vor allem die definierten Arbeitsabläufe der Auftragserfassung, die Gutachtenverteilung und Terminverfolgung sowie die Korrespondenz mit Versicherungen und Gutachterinnen bzw. Gutachtern in die Prozessqualität ein. Sie findet im Wesentlichen Ausdruck in der Länge der Bearbeitungszeit und der Zufriedenheit von Auftraggebern und -nehmern. 

Externe Prozesse, wie zum Beispiel die Erstellung der Gutachten, unterstützt Medicproof mit der Weiterentwicklung der eigenen Bearbeitungssoftware ProofForms. Interaktionen zwischen Gutachterinnen bzw. Gutachtern und Antragstellerinnen bzw. Antragstellern sowie deren Angehörigen sind zum einen abhängig von der sozialen Kompetenz und Erfahrung der Gutachterin bzw. des Gutachters, zum anderen von der Erwartungshaltung der zu Begutachtenden. Diese sozialen Aspekte finden vor allem Ausdruck in schriftlich vorgebrachter Kritik seitens der Begutachteten, zu der es allerdings nur bei etwa jeder tausendsten Begutachtung kommt.

Zu den zentralen Aufgaben von Medicproof gehört es, die freien Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter in Fragen der Begutachtung zu qualifizieren und durch regelmäßige Schulungen fortzubilden. Voraussetzung für einen Vertragsabschluss zwischen freiberuflich tätigen Gutachterinen bzw. Gutachtern und Medicproof ist die Teilnahme an einem Einführungsseminar zur Pflegebegutachtung inklusive eines Grundlagenseminars zur Versorgung mit Pflegehilfsmitteln und wohnumfeldverbessernden Maßnahmen und einer Schulung zur Datenschutz und zur Datensicherheit. Weitere Qualifizierungsmaßnahmen betreffen die Begutachtung von Kindern und die Erstellung von Zweitgutachten.

Die Qualitätskontrollen der fertigen Gutachten konzentrieren sich zunächst ausschließlich auf formale Vorgaben und die Vollständigkeit des Gutachtens. In der Beurteilung medizinischer und pflegerischer Sachverhalte sind die beauftragten Ärztinen und Ärzte sowie Pflegefachkräfte unabhängig und nicht weisungsgebunden. Allerdings werden die gutachterlichen Aussagen zusätzlich technisch Plausibilitätsprüfungen unterzogen. Darüber hinaus werden alle Gutachten kontrolliert, die von neu hinzugekommenen freien Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern erstellt wurden. Gleiches gilt für Gutachten mit komplexen inhaltlichen Konstellationen sowie Gutachten mit besonderen Empfehlungen zur Pflegehilfsmittelversorgung und für Wohnumfeldverbesserungen. Die Gutachterinnen und Gutachter erhalten außerdem regelmäßig ein standardisiertes und strukturiertes fachliches Feedback zu ihren erstellten Gutachten.

Neben der Qualitätskontrolle dienen auch die auftragsbezogenen Rückfragen der Versicherungsunternehmen einer gezielten Schwachstellenanalyse.